کاهش هزینه ی شناسایی سریع باکتری ها با روش جدید
امروزه، شناسایی باکتریها بر اساس DNA باکتریایی نیاز به ابزار دقیق و ساعتها کار توسط متخصصین بسیار مجرب دارد. بیایید تصور کنیم، احتمال شیوع باکتریای مانند سالمونلا وجود دارد. معمولاً به منظور یافتن منشأ آن، محققان مجبورند بسیاری از نمونهها را به صورت دقیق تجزیه و تحلیل کنند تا یک سویه باکتریایی از دیگری متمایز شود، که بسیار زمانبر است.
کوچکترین دستگاه توالی یابی که توسط Oxford Nanopore Technologies با نام MinION است که در سال 2015 به بازار عرضه شد. یک سال بعد آن را به ایستگاه فضایی بین المللی بردند، و برای اولین بار در شرایط بیوزنی DNA را توالییابی کردند. با وجود انقلاب غیرقابل انکار در تعیین توالی ارائه شده توسط MinION، به سرعت مشخص شد که دادههای به دست آمده با این دستگاه بینقص نیستند همچنین استفاده از این دستگاه بسیار پرهزینه میباشد.
دانشمندان گروه علوم غذایی دانشگاه کپنهاگ دانمارک راهی برای برای تجزیه و تحلیل صدها باکتری در یک زمان پیدا کردهاند این روش ضمن کاهش قابل توجه هزینهها، دقت توالیسنجی را تا بیش از 99٪ افزایش میدهد. این روش که ON-rep-se نامیده میشود، قسمتهای خاصی از ژنوم باکتری را بررسی کرده سپس نتایج را با ترتیب توالی DNA کل ژنوم باکتری مقایسه میکند. این دادههایی قبلاً به وسیلهی روهایی مانند الکتروفورز به دست آمدهاند.
دکتر Lukasz Krych، استادیار گروه علوم غذایی دانشگاه کپنهاگ دانمارک میگوید:«روش ما امکان شناسایی نوع صدها نمونه را در کمتر از دو ساعت فراهم میکند و انتظار داریم با استفاده از فناوری real time این زمان کاهش یابد.»
این روش که مبتنی بر nanopore و یک رویکرد جدید در توالییابی real-time میباشد و در آینده میتواند باعث تحول در توالییابی DNA شود. این پروژه تحقیقاتی با همکاری شرکت لهستانی GenXone S.A، که به راهاندازی شبکه انتقال دادههای بیوانفورماتیک کمک کرده، انجام شده است.
یکی دیگر از محققین این تیم میگوید:«روش ما میتواند در ایمنی مواد غذایی مورد استفاده قرار گیرد و باکتریهای ایجاد کننده بیماری یا سلامتی را به سرعت پیدا کرد. همچنین میتوان از آن در بخش بهداشت و درمان برای تجزیه و تحلیل دادهها استفاده کرد»
در حال حاضر، چندین شرکت به صورت آزمایشی از این روش برای برنامههای غربالگری سریع هزاران سویه در سیستمهای خود استفاده میکنند.
منتشر شده در: 18 دسامبر 2019 www.news-medical.net
